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银行卡扣短信费的扣费方式如下。
1、签约开通银行卡账户变动短信通知服务后，账户资金变动会向预留手机号发送短信提醒，此服务是收费的，每月收费标准依据银行规定有所不同，短信通知服务费会在签约时一次性收取或按年收取，具体扣费时间取决于银行规定，有的银行是在月初扣收当月短信服务费，有的是在扣款日扣收费用。
2、银行卡短信服务扣费不成功时，银行会通知客户尽快补交费用，如果客户没有及时补交费用，银行会暂停短信服务功能，用户应确保银行卡账户余额充足以支付短信服务费，一旦扣费成功或用户补交费用后，银行会再次开通短信服务，具体的扣费金额和方式会在用户办理短信服务时与银行进行约定，用户也可以携带有效身份证件和银行卡前往银行柜台查询短信费用的具体扣费情况。
综上，银行卡扣短信费的扣费方式主要是按年或按月扣费，具体扣费时间和金额会在用户办理时与银行进行约定，用户应确保账户余额充足以支付短信服务费，避免扣费失败导致短信服务暂停。